Eğitici tarafından teorik bilgilerin anlatıldığı ve tartışıldığı derslerdir. Klasik teorik dersleri, panelleri, ve probleme dayalı öğrenme çalışmalarını kapsar. Paneller, multidisipliner bir eğitici kadrosu ile hastalık ve olguların tartışıldığı derslerdir. Probleme dayalı öğrenme, bir klinik senaryo temelinde, olgunun sağlık sorunlarının öğrenciler tarafından irdelenmesi, sunulması ve çözümlenmesi aşamalarını içeren, olgu bazlı grup tartışmalarıdır. Bunun dışında, öğrencilerin belli saatlerde öğrendiklerini tekrarlama ve yeni ders oturumlarına hazırlanmaları için ders programında yer alan bağımsız çalışma saatleri mevcuttur.
Tıbbi genetik klinik eğitimi, eğitici gözetiminde gerçek hastalarla hasta başı eğitimi şeklinde yapılandırılmıştır. 4. sınıfta PEDI403 bloğu kapsamında her öğrenciyle en az üç saat olmak üzere yapılmaktadır. Klinik eğitimimizin temel hedefi, öğrencilerin kalıtsal hastalıklardan ve genetik sendromlardan etkilenmiş bireyden anamnez alınmasında ve hastanın muayenesinde dikkat edilmesi gereken noktaları öğrenmesi, genetik danışma sürecine dair bütünsel yaklaşımı edinmesi, genetik tanı sürecinde faydası olan bazı online uygulamaları ve genetik veritabanlarını tanıması, bu şekilde tıbbi genetiğin temel klinik nosyonunu kazanmasıdır. Hasta başı eğitimi başlamadan önce, öğrencilerle birlikte yarım saatlik bir tartışma yapılarak aile ağacı çizerken, öykü alırken, muayenede ve tanıya giderken dikkat edecekleri noktaları hatırlamaları sağlanır. Bunu takiben, öğrenciler en fazla üç kişilik gruplar halinde öykü alıp hastaları muayene ederler ve bunu takiben, eğitmenle birlikte muayene ve tanı sürecini gözden geçirirler. Eğitim bittikten sonra, her öğrenci hastalarının klinik ve genetik bulgularını sunar, ilgili güncel literatürü gözden geçirir ve kısaca genetik danışmayı planlarlar. Hastanın bulgularının literatüre bir olgu sunumu şeklinde kazandırılıp kazandırılamayacağını tartışırlar. Bunun dışında, rutin poliklinik uygulamalarına katılım şansı olan öğrenciler, uygun olduğu durumlarda, tıbbi genetik polikliniğinin rutin işleyişine katılıp eğitici ile beraber hastaları değerlendirebilirler.
Kistik fibroz olgu çalışmasıyla, hastalığın patofizyolojisi, klinik bulguları, etkilenen organ sistemleri, tedavi seçenekleri ve etki mekanizmaları incelenerek, otozomal resesif kalıtıma ilişkin kavramlar, mutasyon sınıfları ve bunların protein üzerine etkileri gözden geçirilmektedir. Alelik heterojenite, CFTR ilişkili çeşitli fenotipler ve fenotipik heterojenitenin moleküler temelleri irdelenmektedir.
Belirli aktive edici FGFR3 varyantları nedeniyle artan FGF sinyalinin kondrositler üzerine etkileri, moleküler patogenez üzerinden akondroplazinin klinik bulgularının nasıl ortaya çıktığı ve inhibitör tedavi modaliteleri tartışılmaktadır. Antenatal ve postnatal evrelerde farklı tanısal yaklaşımlar ve letal “homozigot” akondroplazi incelenmektedir. Penetrans, ekspresivite, alelik homojenite ve FGFR3 ilişkili diğer fenotipler üzerinden fenotipik heterojenite kavramları pekiştirilmektedir.
Tümör baskılayıcı genlerdeki işlev kaybının ve onkogenlerin kanser oluşumundaki rolü ve bunun moleküler çerçevesi, pedigri bağlamında ve hücresel düzeyde dominant ve resesif kavramları, meme kanseri başta olmak üzere sık görülen kanserlerden etkilenmiş bireylerde genetik tetkik ve danışma için endikasyonlar, pedigri analizi ve risk hesabı, Mendelyen kalıtılan klasik kanser yatkınlık sendromları ile bunlarda görülen bireysel ve ailevi kanser paternleri, prediktif test kavramı, tümör supresörlerdeki patojenik germline varyantları belirlemekte geleneksel ve yeni nesil tanı tetkiklerinin kullanımı incelenmektedir. Test öncesi ve sonrası genetik danışmada, moleküler test sonuçlarının yorumlanmasında ve hastanın izleminde dikkat edilecek noktalar vurgulanmaktadır.
Embriyonik dönemde ekstremitelerin gelişimi, gelişimin moleküler çerçevesi (ekstremite taslağındaki sinyal merkezleri, gelişim eksenleri, ekstremite paterninin belirlenmesinde ve büyümede rol oynayan sinyal yolakları ve transkripsiyon faktörleri) ve bu gelişimdeki moleküler bozuklukların nasıl morfolojik anomalilere yol açtığı incelenmektedir. Ekstremite anomalilerinin anatomik sınıflandırması, etiyopatogenezin belirlenmesi için kullanılan algoritmalar, kas-iskelet sistemi malformasyonlarına yol açan çevresel faktörler gözden geçirilmekte, ekstremite malformasyonlarının genetik kökenine yönelik araştırmalarda pedigriden, öykü ve muayene bulgularından nasıl faydalanıldığı tartışılmaktadır.
Gestasyonel trofoblastik hastalığın nedenleri ve patofizyolojisi, hidatidiform mol & invazif mol ve koryokarsinomun klinik özellikleri, komplet ve parsiyel molün genetik oluşum mekanizması & fetal gelişime etkileri açısından karşılaştırılması, otozomal resesif kalıtımlı rekürren hidatidiform mol hastalığı ve bu hastalarda üreme seçeneklerine yönelik genetik danışma işlenmektedir. Gestasyonel trofoblastik hastalıktan etkilenen hastalarda tedavi ve izlemde sonuçları iyileştirmek için multidisipliner koordinasyonun önemi vurgulanmaktadır.
Kalıtımın kromozomal temeli, konvansiyonel ve moleküler sitogenetiğin temel prensipleri tanımlanmakta, insan kromozomları ve anomalileri sınıflandırılmakta, metafaz kromozomlarının yapısı ve parçaları incelenmektedir. Ana hatlarıyla sitogenetik ve moleküler sitogenetik yöntemler, anormal karyotipleri tanımlamak için kullanılan basit nomenklatür öğretilmektedir. Sayısal ve yapısal kromozom anomalileri, mozaiklik, kromozom anomalilerinin oluşum mekanizmaları, dengeli ve dengesiz kromozomal yeniden düzenlenmeler, sık görülen otozomal ve cinsiyet kromozom anomalilerinin insidansları, klinik bulguları, iyi bilinen mikrodelesyon ve duplikasyon sendromlarına klinik yaklaşım işlenmektedir.
Aile ağacı analizinin kalıtım paterninin belirlenmesinde ve klinik tanıyı yönlendirmedeki rolü vurgulanmaktadır. Aile ağacının uluslararası semboller kullanılarak soygeçmişe dayalı biçimde oluşturulması, zorunlu ve olası taşıyıcıların belirlenmesi, pedigrideki bireyler için genotipik ve fenotipik risk hesaplarının yapılması aşamaları işlenmektedir. Mendelyen kalıtım modelleri, tek gen hastalıklarında genetik heterojenite, pleiotropi, dominant ve resesif kalıtım için risk hesabı, modifiye edici faktörler ve bunların hastalık kliniğine etkisi incelenmektedir. Sık görülen otozomal dominant, çekinik ve X’e bağlı kalıtılan tek gen hastalıkları, genetik danışmada her bir kalıtım modeli için dikkat edilmesi gereken noktalar ve bilinmesi gereken ekspresivite, penetrans, manifest taşıyıcılık ve klinik paradoks gibi kavramlar klinik örnekler üzerinden anlatılmaktadır.
Dersin temel hedefleri, (1) insan morfolojisinde normali, normalin varyantlarını, minör ve majör anomalileri ayırt edebilmek ve genetik sendromlara tanı koyma amacıyla bunları ipucu olarak kullanabilmek ve (2) kesin ya da ön klinik tanı için, ayrıntılı dismorfik muayenede saptanan bulguları anamnez ve pedigri analizinden elde edilen bilgi ile entegre edebilmektir. Bu yönde, dismorfik ya da sendromik çocuğa yaklaşım algoritması, temel dismorfoloji terimleri, tanıya götürebilecek özgün dismorfik bulguların seçimi, dismorfolojik kalıpların nasıl analiz edileceği, konsültasyon ve danışma notlarının nasıl oluşturulacağı, genetik kliniğinde ve araştırmalarda etik kurallar işlenmektedir.
Nonmendelyen kalıtımla ilgili temel kavramlar, insanda bu kavramlarla açıklanabilen fenotipik özellikler ve nonmendelyen kalıtım için tipik pedigriler incelenmektedir. Mozaiklik ve rekürrens, somatik mozaiklik ile karakterize iyi bilinen kromozom ve tek gen hastalıkları; mitokondriyal kalıtımda homo- ve heteroplazmi, threshold ve bottleneck etkileri ve klinik yansımaları, mitokondriyal hastalığın değişken prezentasyonları ve test stratejileri; imprinting bozukluklarının klinik yansımaları, parent-of-origin etkisi, uniparental dizomiden kaynaklanan klasik fenotipler; mikrosatellitler ve tıbbi genetik uygulamalarındaki implikasyonları, mikrosatellit genişlemesi veya retraksiyonunun gen fonksiyonunu nasıl değiştirdiği, antisipasyon ve üçlü tekrar instabilitesiyle karakterize klasik hastalıklar işlenmektedir.
Bu derste, örnek pedigriler ve klinik senaryolar üzerinden genetik danışmanın adımları, kimlerin genetik danışmanlığa ihtiyacı olduğu, danışma sürecinde ailevi ve bireysel dinamikler, dört temel etik mesele, yasal belirleyiciler incelenmektedir. Genetiğin ve kalıtımın temel kavram ve prensipleri gözden geçirilerek, genetik danışmanın rolünün klinik pratiğe nasıl entegre edildiği ve devamlı ve bütünsel biçimde kurgulanmış ideal yaklaşımın nasıl olması gerektiği ele alınmaktadır. Rol oynama yoluyla danışmanın profesyonel tutumunun nasıl olması gerektiği tartışılmaktadır. Üreme seçenekleri, prenatal danışma, gebeliğin tıbbi terminasyonu ve prediktif tanıda genetik danışma bağlamında karşılaşılabilen bazı etik sorunlar interaktif biçimde tartışılmaktadır.
Rb geni ve retinoblastom oluşum mekanizması üzerinden tümör supresörler ve kanser biyolojisinde rol oynayan majör sinyal yolakları, majör DNA onarım mekanizmaları (çift zincir tamiri, nükleotid eksizyon tamiri, mismatch repair vb.) ve bunlarla ilişkili genlerdeki işlev kaybının yol açtığı dominant ve resesif kalıtılan hastalıklar gözden geçirilmektedir. Ailevi kanser sendromlarından çocukluk çağında bulgu verenler vurgulanmakta, bunlarda izlemin, genetik danışmanın ve cascade testlerin nasıl planlanacağı tartışılmaktadır. Kanser riskinde artışa konjenital malformasyonların, dismorfik bulguların, erken yaşlanmanın ve/veya çocukluk çağında ortaya çıkan nörodejeneratif bulguların eşlik ettiği klasik sendromlar işlenmektedir.
Konvansiyonel genetik testler (kromozom analizi, FISH, Sanger dizileme, qPCR, DNA mikroarray, MLPA) ve yeni nesil dizileme tetkikleri (NGS panelleri, tüm ekzom ve tüm genom dizileme analizleri), bu tekniklerin çalışma prensipleri, klinikteki uygulama alanları, endikasyonları, avantajları ve limitasyonları incelenmekte ve birbiriyle karşılaştırılmaktadır. Olgu örnekleri ile hastalarda en uygun genetik test seçimi üzerine alıştırmalar yapılmaktadır.
Bu panelde, çocuk endokrinoloji ve çocuk cerrahi bölümlerinden öğretim üyeleriyle birlikte, cinsiyet gelişim bozukluklarından en sık görüleni olan Konjenital adrenal hiperplaziden (KAH) etkilenmiş çocuk, ergen ve yetişkinlerin tanı, tedavi ve izleminde, endokrinolog, psikolog, cerrah, genetik uzmanı ve sosyal destek uzmanından oluşan multidisipliner ekip yaklaşımının ayrıntıları incelenmekte ve önemi vurgulanmaktadır. Tıbbi genetik perspektifle hastalığın moleküler sınıflandırılması, etkilenmiş dişi ve erkeklerde prezentasyon, uygun genetik tanı testleri, moleküler test sonuçlarının yorumlanması, psödogenler ve gen konversiyonları, 21-hidroksilaz eksikliği için genotip-fenotip korelasyonu, kesin tanı ile üreme seçenekleri ve prenatal testler için genetik danışma ve gelecekte genetik tedavi modaliteleri irdelenmekte ve öğrencilerle tartışılmaktadır.
Boy kısalığına klinik yaklaşıma odaklı probleme dayalı öğrenme senaryosu, çocuk endokrinoloji bölümünden öğretim üyeleriyle birlikte planlanmakta ve yürütülmektedir. Gerçekçi bir klinik olgu üzerinden kurulmuş senaryo, tıbbi, toplumsal ve etik hedefleri kapsayacak şekilde iki bölümde şekillendirilmiştir. Öğrenciler, küçük gruplar halinde olguyu tartışarak, anamnez ve klinik muayeneden elde edilmiş pozitif bulguları gözden geçirirler. İki PDÖ arasında, öğrenciler senaryo dahilinde belirledikleri konulara çalışır ve sonraki oturumda birbirlerini bilgilendirirler. Tanı, tetkik ve tedavi aşamalarında aldıkları kararları tartışırlar, süreç eğitimci tarafından gözlenir ve gerektiğinde yönlendirilir. Bu şekilde, derslerde ya da serbest çalışma saatlerinde edindikleri bilgilerle bağlantı kurarak boy kısalığına klinik yaklaşımı aktif öğrenmeyle pekiştirmeleri hedeflenmektedir.
Osteoskleroza sekonder masif yüz deformitesine yol açan bir iskelet displazisi olan Kraniyodiyafizyel displaziden etkilenmiş bir ergenin, hayatı olabildiğince normal yaşamaya çalışmasını konu alan The Mask filmi üzerinden çok nadir görülen ya da ağır anomalilerle seyreden fenotiplerin bireye getirdiği sosyal yük ve ölümcül seyirli hastalığı olan bireylerle iletişim tartışılmaktadır. Artmış ve yetersiz mineralizasyon ve makrosefali ile giden iskelet displazileri, iskelet displazilerinin nozolojisi ve klinisyenler ve araştırmacıların bundan nasıl faydalandığı, Marfan sendromu ve eklem hipermobilitesi ile giden hastalıklarda klinik tanıda kullanılan temel algoritmalar ve MFS klinik skor ve Beighton skoru gibi skorlama teknikleri, kemik gelişiminde ve homeostazında rol oynayan temel proteinler ve hücresel yolaklar incelenmektedir.